1992年，当长平高速公路设计者绘制完蓝图，测量人员在大地上打下第一根柱桩时，按《文物法》要求，吉林省文化厅就组织考古工作队，对高速公路133公里路段进行全面调查，发现文化遗址21处，最后确定8处发掘点，其中公主岭辖区内有3处。

1994年6月，一处完整的原始村落遗址，以奇特的面貌，在公主岭市郊区的肖家屯工地上展现在世人面前。

遗址在肖家屯干涸的古河道北侧平地上，面积有15万平方米，属于新石器时代和青铜器时代的原始村落遗址。在东北，当时除辽宁阜新查海新石器时代遗址被誉为“华夏第一村”外，吉、黑两省还没有实质性进展。

在试掘的1000平方米考古工地上，人们见到了一座属于新石器时代的房址。长宽只有6米多椭圆形浅地穴房址。门开在南面，有斜坡门道通向室内，室中央设一椭圆形灶，室内地面铺一层防潮的炭灰。室内零散地置放着陶罐、纺轮、石斧、石铲、石锛、石耜、石镞、石砸器、刮削器及一些石器半成品。在房址及周边区域内发掘出十几把用残的“亚腰型石铲”。一个被火熏黑的破碎陶罐置放在用石块支起的灶上。灶的附近有榛子、山核桃和橡子等坚果。这是一幅鲜明的带有某些悲凉色彩的远古人类生活图景，房子的主人似乎刚刚离去。省考古研究所副所长王侠十分感慨地说：从人类的幼年一步步走到现代化的今天，不知要付出多少代价啊！现在如果有人问公主岭发达的农业从何处起步的话，我们可以毫不犹豫地告诉他，肖家屯遗址就是最好的证明。

肖家屯遗址的发掘成果，引起了国内外考古界的极大关注。1994年10月，俄罗斯边疆区考古研究所一行5位考古专家，在吉林省考古研究所领导的陪同下，专程来肖家屯遗址现场考察。考察后，俄罗斯考古专家从东北亚新石器时代考古谱系确立上，对该遗址给予了充分肯定和高度评价。

1994年第一次发掘后，出于保护的目的，考古部门没有再进行发掘，直至2005年8月，为了配合102国道改扩建，又进行了第二次抢救性发掘。

第二次发掘从2005年8月10日起至9月10日止，共开13个探方，面积1000多平方米。发掘出完整半地穴式房址一处及大批陶片和石器。石器以打制为主，种类丰富。器型有亚腰石铲、肩节石铲、石簇、石矛、石剑、石镰、石磨盘、石磨棒等。陶器以夹砂陶为主，器型多为直腹筒形罐，其中以刻划“之”字纹和其他以刻划纹为主的复合纹饰的陶器最为重要。

这些发现进一步说明：早在新石器时期，生活在这里的古代先民们就用原始的生产工具——石铲、石镰开辟着这块富庶的土地，在渔猎和牧歌中繁衍生息，以勤劳和智慧创造文明，用顽强的生命力和智慧的创造力为现代公主岭的繁荣昌盛砌下了一块块基石。

吉林省文物考古研究所领导和吉林省考古学会专家在视察肖家屯遗址考古发掘工地后认为：肖家屯遗址中含有的新石器时期带“之”纹饰陶片和亚腰型石器的地层堆积，以及丰富的同时期遗物的发现，为吉林省今后了解和进一步研究新石器时期的文化类型谱系分期提供了重要的考古资料，在考古学、历史学界有重要的意义。

在2008年11月文物出版社出版的吉林省文物考古研究所成立25周年纪念专刊《田野考古集粹》里，省文物局领导在《吉林省文物考古的世纪回顾与展望》序言中明确了吉林省新石器时代的文化编年与谱系框架。将肖家屯遗址确定为新石器时代晚期遗址，距今约4500年。遗址中所出“亚腰型石铲”，为该区域内新石器时代中晚期广泛使用的中耕工具。这一论断，科学地从理论上将公主岭地区的农耕史提前至4500年前。

肖家屯遗址是考古专家公认的、非常重要的东北古代的原始村落遗址，被誉为“吉林的半坡”，它为吉林省进一步研究新石器时期文化类型谱系分期提供了重要的考古资料，对北方民族的古代史研究亦有着不可估量的学术价值。